Авторы издания довольно тонко разбирались в демонологии, им не составило труда сочетать древние легенды и современные церковные знания, чтобы изложить все принципы борьбы с ведьмами. Руководство по охоте на ведьм состояло из трех частей:

Первая была направлена на психологический и социальный аспект судей, в ней была изложена точка зрения церкви на суть ведовства, где оно объявлялось худшим из преступлений и безжалостно каралось. Считалось, что кроме вреда людям, еще одна задача ведьм – умножать на Земле нечистую силу (бесов, оборотней, злых духов) и создавать проклятые места.

Здесь же ведьмы делились на три типа:

- те, кто занимается вредительством;
- обладающие исключительно даром лечения (именно таких людей обычно держала у себя при дворе средневековая знать);
- те, кто обладал обоими видами колдовства.

Существовал и высший разряд ведьм – они обладали особенной дьявольской силой, приобретенной вследствие пожирания детей (эта черта упоминается в фольклоре почти всех народов мира, особенно в сказках).

Исходя из исключительной вины обвиняемых, показания в суде разрешалось давать любым свидетелям, в том числе преступникам, отлученным от церкви, лжесвидетелям, проституткам, иноземцам и т.п. Вся первая часть написана по системе ответов на предлагаемые вопросы.

Вторая часть предназначена для потенциальных жертв и охотников, она охватывает собой теорию существования и деятельности ведьм. Это самая большая и важная часть книги, содержит восемнадцать глав о способах ведьминского вредительства и еще восемь глав о способах устранения или излечения колдовства. Здесь же упоминаются категории людей, неподвластных колдовству: инквизиторы, борцы с ведьмами, а также люди, оберегаемые священными обрядами (посредством святой воды, соли, веток вербы) и ангелами. Одна глава уделена колдунам-мужчинам.

Большинство глав в этой части повествует о таких сексуальных делах ведьм, как сношение с демонами и инкубами (а также рождение детей от них), любовное колдовство над людьми и насильственное соблазнение их к половому акту, удаление половых органов у мужчин и задержка деторождения у женщин. Описано ведовство и другого характера: оборотничество и превращение людей в животных, насылание болезней, перенос с места на место, вселение в чужое тело, убийства (читай – поедание) или посвящение демонам младенцев, управление силами стихий.

Среди средств исцеления везде указываются паломничество к святым местам, полная исповедь, молитвенные упражнения с христианской символикой, экзорцизм. А вот вернуть половой орган или человеческий облик может только сама ведьма, совершавшая колдовство (вариант – колдовство может развеяться после ее смерти). А чтобы противостоять неурожаю, градобитию или болезням скота, все верующие должны были обойти проклятые места крестным ходом.

Третья часть основана на заповеди «Ворожеи не оставляй в живых». Она состоит из 35 вопросов и полностью посвящена юридической стороне вопроса. По структуре похожа на кодекс – доказательства виновности в колдовстве, правила судебных процессов, способы вынесения приговоров пыток, допросов и т.д. Несмотря на то, что множество глав в этой части уделено оправдательным и смягчающим приговорам, они выносились редко, что нельзя сказать о смертной казни.

«Молот Ведьм» ставил под сомнение такие методы проверки на чистоту души, как испытание огнем, кипятком, раскаленным железом, водружением на весы и погружением в воду, которые успешно использовались ранее; по книге право судить о виновности ведьмы получает судья (что фактически приговаривало девушку). Здесь же оговаривалось, что ведьму нельзя было судить без предоставления ей адвоката и наличия её собственного признания (которое впрочем, легко выбивалось в камерах пыток), но обвиняемая не должна была знать имен и личностей свидетелей.